Δεν υπάρχει καμία απολύτως σχέση μεταξύ της Ελευθέρας Αποστολικής Εκκλησίας Πεντηκοστής (Ε.Α.Ε.Π) και των Μαρτύρων του Ιεχωβά. Η θρησκευτική αυτή διεθνής οργάνωση έχει διδασκαλίες που δεν συμφωνούν με τα βασικά δόγματα της Αγίας Γραφής, όπως είναι το δόγμα της Αγίας Τριάδος, η θεότητα του Ιησού Χριστού, η προσωπικότητα του Αγίου Πνεύματος.
Δεν πιστεύουν στην ύπαρξη Κόλασης, γιατί διατείνονται πώς ο Θεός της αγάπης δεν μπορεί να τιμωρεί τα παιδιά Του, διαγράφοντας έτσι τη δικαιοσύνη του Θεού. Επίσης απορρίπτουν και πολλά άλλα δόγματα της ιστορικής χριστιανικής πίστης, που διατυπώνεται στο Σύμβολο της Πίστεως, στο «Πιστεύω» που αποτελεί την πεμπτουσία του Χριστιανισμού. Δεν συμβαδίζουν με την βασική δομή της Χριστιανικής πίστης όπως περιγράφεται στην Αγία Γραφή και βιώθηκε από την ζωή της Χριστιανικής εκκλησίας σε όλη την διαδρομή της.
